Van prebiotica wordt aangenomen dat ze bescherming kunnen bieden tegen darminfecties. Dit effect op de gezondheid is echter nog onvoldoende aangetoond. Het Wageningen Centre for Food Sciences en NIZO food research hebben daar nader onderzoek naar gedaan. Daaruit kwam naar voren dat bij ratten snel fermenteerbare vezels de weerstand tegen een salmonella-infectie juist verminderen. Bij mensen was het negatieve effect minder groot.